В творі (значною мірою автобіографічному) йдеться про трагічну долю сім'ї сільського коваля Якова Чумака, зокрема, його наймолодшого сина Андрія, про те, як люди зберігали гідність на межі буття і смерті.
«Сад Гетсиманський» — один з перших творів у світовій  літературі, в якому з позиції учасника подій викрито злочини сталінського режиму. 
Дія твору розгортається в Харкові, у в'язницях на Раднаркомівській та Холодній горі. Всі імена та прізвища в'язнів і співробітників НКВС в цій книзі правдиві.