Året er 1563. England er en bekymret nation. Katolske sammensværgelser mod den unge dronning Elizabeth har efterladt landet i en tilstand af frygt og mistænksomhed.
En sen nat får den respekterede budbringer William Harley, kendt som kongens overherold, besøgaf en uventet gæst - katolikken Henry Machyn, der er desperat efter at gemme et manuskript til en krønike, der indeholder en så farlig hemmelighed, at han frygter for sit liv. Snart er staten, i form af Francis Walsingham og hans skruppelløse håndlangere, i gang med fuldstændigt at ødelægge William Harleys fredelige hjem i deres søgen efter Machyns krønike.

På flugt, og med hjælp fra Machyns kone Rebecca, må William Harley følge sporene i manuskriptet for at redde deres liv. Jo mere lys de kaster over mysteriet, jo farligere bliver deres verden. Gennembankede, torturerede og jagtede indser de, at det de har opdaget, kan rive hele landet i stykker.

Helligt forræderi bringer lyset, lydene, lugtene, tankerne og frygten fra 1500-tallets London til live og fortæller en gribende historie om mord, forræderi og loyalitet - samt det skrevne ords magt.