Dos historias paralelas que se entrelazan en este thriller histórico, en torno a la misma figura, Hipatia. Hipatia fue una filósofa, matemática y astrónoma que vivió durante el siglo cuarto en Alejandría, Egipto. Durante esa época, luchó contra el oscurantismo cristiano y defendió ardientemente la cultura clásica y el paganismo. Cuando algunos arqueólogos ingleses descubren en el 1948 unos extraños códices en Alejandría que podrían poner en duda la historia como la conocemos y el pasado cristiano en Egipto, la Iglesia intentará devolver a Hipatia al olvido.